Konfiguracja aplikacji Płatności wykonywana jest z poziomu modułu Ustawienia. Moduł Ustawień należy uruchomić z menu aplikacji:

Po otwarciu okna modułu należy przejść do zakładki Płatności.

Konfiguracja aplikacji Płatności składa się z trzech grup ustawień:
- Konfiguracja – ustawienie podstawowych parametrów działania aplikacji. Szczegółowo opisana w tym artykule.
- Mapowanie kont bankowych – ustawianie szablonów eksportu do banku dla kont bankowych Płatnika (opis tutaj).
- Słowniki – lista słowników systemowych (szczegóły tutaj).